我所建于1972年，是以微生物在農業、輕工、食品、醫藥、環境保護等方面的應用研究和開發為主體的綜合性獨立科研機構，建所30年來，共取得高水平科技成果110項，成果轉化百余項次，直接經濟效益累計3200多萬元，社會效益達50多億元。
目前，我所已形成酶制劑、微生物肥料、生化制劑、食藥用真菌、生物保鮮、食品釀造6個優勢專業學科；完成了省級以上科研課題百余項，其中獲獎成果三十多項，申請科技發明專利3項。由于我所在生物肥料研究與開發領域取得先進成果，國家科技部的委托河北省微生物所共承辦了六屆生物肥料國際培訓班，共接待培訓了30多個國家的160多名學員。到目前為止，我所分別與泰國清邁大學、印度旁澤普大學、以及俄羅斯科學院就生物肥料、食藥用真菌、皮革工業用酶制劑等項目開展合作交流與技術合作，雙方已多次派出專家組進行互訪、考察和工我所共有五條生產線（生產車間），承擔著科研成果的中間試驗與轉化任務。先后培育出十余種具備市場準入資格的生物技術產品。以成熟技術為依托，我所近來合作、合資組建了三個股份制公司。以硅酸鹽菌劑技術（生物鉀肥）為依托組建了“河北巨微生物工程有限公司”（我所占30%股份），總投資3158萬元，生產規模年產一萬噸硅酸鹽菌劑，產值4960萬元，可供2000萬畝缺鉀農田施用，社會效益6-8億元，作為一家生物工程高科技企業，巨微分司一直受到國家、省有關部門的關注，被列入國家“火炬計劃”和“國家重點工業性試驗計劃”項目，前省委書記葉連松先后三次到公司視察指導工作，目前該公司正在國家計委支持下，積極籌劃向年產十萬噸生物鉀肥規模擴建。
我所以氧化酶技術為依托創辦了“保定鮮爾康生物工程有限公司”（我所占34%股份）。鮮爾康公司主要從事新一代綠色功能性飼料添加劑，公司生產的“新型氧化酶”腸道保護劑——鮮爾康（Healthon），具有去氧、抑菌、防霉功能，使傳統的以抗生素為主力的“藥物預防程序”轉變為以鮮爾康（Healthon）為主力的“腸道綠色保護程序”，符合我國“綠色高效”的養殖業發展方向，極具市場潛力，屬朝陽產業，年產值400萬元。為適應世界科技經濟一體化發展，加快技術成果和產品的國際化步伐，我所早在1994年合資創辦了“（中、德）保定施達科生物技術有限公司”現我所占股份（75%），主要從事食（藥）用真菌產品的經營開發以及所內其它相關生物產品的國際市場開發與技術合作交流，年科工貿總收入60萬元。
2001年，我所確定了以食品添加劑（葡萄糖氧化酶）、食藥用真菌和生物復合肥為所內的主導產品，這些產品都有極大的市場潛力，我所經過設備調試等工作已經能夠正常生產產品，現已全部取得衛生許可證和生產許可證。如果再有充足的市場運作資金，所的這三個主導產品將為微生物所產生更大的效益。
復合酶（飼料添加劑）的生產也是我所的重要產業，現每年可生產和銷售40噸復合酶。
