種子以褐色和黑色較多，但也有其他顏色，例如豆類種子就有黑、紅、綠、黃、白等色。種子表面有的光滑發亮、也有的暗淡或粗糙。造成表面粗糙的原因是由于表面有穴、溝、網紋、條紋、突起、棱脊等雕紋的結果。有些還可看到種子成熟后自珠柄上脫落留下的斑痕棗種臍和珠孔。有的種子還具有翅、冠毛、刺、芒和毛等附屬物，這些都有助于種子的傳播。種子體積的大小差異很大，一個帶著內果皮的椰子種子，可以達幾千克重，而藥用植物馬齒莧種子的千粒重只有0.13克，寄生的高等植物列當種子更小，千粒重僅在0.0029-0.0049克之間。
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